W styczniu Seremet podjął decyzję o zwrocie do Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie pierwszego wniosku o uchylenie immunitetu, bo miał on uchybienia formalne oraz merytoryczne. Pod koniec marca prokuratura ponowiła wniosek, dopisując, że Macierewicz powinien odpowiadać za pomocnictwo w ujawnieniu informacji niejawnych. Według mediów chodzi o ujawnienie tajnych współpracowników cywilnych służb specjalnych RP (ustawa dawała prawo ujawniania w raporcie tylko agentów WSI łamiących polskie prawo).
- Mam wrażenie, że jest to działanie mające cechy polityczne; łączyłbym je z tym, że w sprawie smoleńskiej udowodniliśmy matactwo - tak Macierewicz komentował poprzedni wniosek prokuratury. Działania śledczych PiS uznało za polityczne i "podyktowane chęcią swoistej zemsty na byłym szefie Komisji Weryfikacyjnej WSI".
Śledztwo w sprawie niedopełnienia obowiązków lub przekroczenia uprawnień przy tworzeniu raportu z weryfikacji byłych Wojskowych Służb Informacyjnych wszczęła pierwotnie w październiku 2007 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie, potem przejęła ją stołeczna prokuratura apelacyjna. Zostało wszczęte po zawiadomieniach o przestępstwie, jakie wpłynęły od osób i instytucji wymienionych w raporcie m.in. jako agenci WSI (takie zawiadomienia złożyły m.in. Polsat i ITI). Macierewicz wiele razy podtrzymywał wszystkie swe wypowiedzi co do raportu i mówił, że jego ustalenia są oparte na dokumentach WSI i ustaleniach komisji weryfikacyjnej.
W 2008 r. Trybunał Konstytucyjny uznał za sprzeczne z konstytucją m.in. pozbawienie osób z raportu prawa do wysłuchania przez komisję przed ujawnieniem dokumentu, prawa dostępu do akt sprawy oraz odwołania do sądu od decyzji o umieszczeniu w raporcie. Prezydent Kaczyński zdecydował się po tym wyroku nie ujawniać przygotowanego przez Macierewicza aneksu do raportu.PAP, arb