W wysłanej na początku lipca do Strasburga skardze adwokat Stokłosy prof. Jarosław Majewski napisał, że organy RP naruszyły Konwencję poprzez pozbawienie podejrzanego oraz jego prawników wglądu do akt sprawy oraz orzekanie o jego aresztowaniu przez asesora sądowego.
Według prawnika przed i po zatrzymaniu Henryka Stokłosy w listopadzie 2007 roku, aż do lutego 2008 roku, nie mieli oni wglądu w materiał dowodowy i dlatego nie mogli skutecznie podważyć decyzji sądu o tymczasowym aresztowaniu Stokłosy.
W skardze opisano też bezprawność postępowania w sprawie aresztowania Henryka Stokłosy. Decyzje w tej sprawie podejmował asesor sądowy, co zdaniem obrońców nie gwarantowało niezależności orzekającego od nacisków ministra sprawiedliwości i opinii publicznej.
Według obrońców asesor sądowy nie ma takich gwarancji niezależności jak sędzia, a w tym przypadku "działał pod presją powodowaną natężoną nagonką medialną i polityczną na skarżącego" - napisał obrońca Stokłosy.
Henryk Stokłosa zdecydował się na skargę do Strasburga ze względu na "polityczny" charakter jego sprawy. "W Polsce wszystko jest rozmydlone. Nie domagamy się darowania winy, chcemy tylko obiektywizmu, a tego w tej sprawie brakuje" - powiedziała we wtorek PAP żona biznesmena Anna Stokłosa.
Według A. Stokłosy, jej mąż był niewygodny dla rządów PiS, bo była to ekipa, która rządziła represjami, a obecny rząd PO nie chce męża wypuścić, bo obawia się, "co ludzie powiedzą" - dodała.
Prokuratura przedstawiła Stokłosie 21 zarzutów. On sam nie przyznaje się do winy; grozi mu do 10 lat więzienia. Chodzi głównie o zarzuty wręczania korzyści majątkowych i osobistych w zamian za korzystne decyzje podatkowe, a także o nielegalne przechowywanie odpadów, wyłudzenie pieniędzy podczas restrukturyzacji firmy Stokłosy w latach 90. oraz o bezprawne pozbawienie wolności pracowników firmy.
Prokuratura podejrzewała, że Stokłosa w latach 1989-2005 uzyskiwał nienależne wielomilionowe umorzenia podatkowe dzięki powiązaniom ze skorumpowanymi urzędnikami resortu finansów, a także sędzią sądu administracyjnego z Poznania.
W śledztwie zabezpieczono majątek Stokłosy o wartości ok. 20,7 mln zł, w tym nieruchomości i ruchomości. Mienie to pokrywa domniemane straty, wynikające ze stawianych mu zarzutów.
16 czerwca warszawski sąd przedłużył Stokłosie areszt do końca września, oddalając wniosek obrony o uchylenie trwającego od 7 miesięcy aresztu. Mecenasi proponowali milion zł kaucji, dozór policji, zakaz opuszczania kraju oraz poręczenia osobiste kilkunastu znanych Wielkopolan. Sąd uznał jednak, że dalszy areszt jest uzasadniony, bo dowody świadczą o wysokim prawdopodobieństwie popełnienia przez Stokłosę zarzucanych mu czynów, a grożąca mu kara jest surowa.
Stokłosa w 1980 r. założył rzemieślniczą firmę utylizacji odpadów rolno-hodowlanych Farmutil, dzięki której dorobił się znacznego majątku. Zespół firm Stokłosy obejmuje przetwórnie przemysłu rolno- spożywczego, ale także lokalną prasę i radio oraz sieci handlowe. W roku 2007 r. Stokłosa - z majątkiem wycenianym na 750 mln zł - uplasował się na 33. miejscu na liście najbogatszych Polaków tygodnika "Wprost" (rok wcześniej był 16.).
ab, pap