Magnitski, który zarzucił pracownikom MSW zagarnięcie z pomocą sfałszowanych dokumentów z budżetu państwa równowartości 230 mln dolarów, sam został oskarżony o oszustwa podatkowe i zatrzymany w roku 2008, a w listopadzie roku 2009 zmarł w więzieniu. Obrońcy praw człowieka nie wykluczają, że został pobity na śmierć.
Dochodzenie wykazało, że Magnitskiemu nie udzielono należytej pomocy lekarskiej podczas jego pobytu w więzieniu śledczym, co sprawiło, że nie wykryto u niego chorób chronicznych, m.in. cukrzycy i żółtaczki, na które cierpiał, a w konsekwencji - nie podjęto leczenia. W związku z tym zarzuty postawiono lekarce więziennej Łarisie Litwinowej, która opiekowała się Magnitskim i której zarzucono nieumyślne spowodowanie śmierci wskutek niewłaściwego wykonywania obowiązków służbowych, i jej bezpośredniemu zwierzchnikowi - zastępcy naczelnika więzienia na Butyrkach Dmitrijowi Kratowowi, któremu postawiono zarzut lekceważenie obowiązków służbowych, co skutkowało śmiercią człowieka.
Oficjalny przedstawiciel Komitetu Śledczego Władimir Markin poinformował, że postępowanie przeciwko Litwinowej umorzono w związku ze zmianą w kodeksie karnym, która skraca do dwóch lat termin przedawnienia w przypadku zarzucanych jej czynów, a termin ten właśnie minął. Nie umorzono natomiast sprawy zwierzchnika lekarki - Dmitrija Kratowa. Fundusz inwestycyjny Hermitage Capital Management (HCM), którego prawnikiem był Magnitski, ostro skrytykował decyzję Komitetu Śledczego, nazywają ją "najnowszym przykładem niechęci władz rosyjskich do pociągnięcia kogoś do odpowiedzialności za śmierć Magnitskiego".
Sprawa śmierci Magnitskiego była uważana za rodzaj papierka lakmusowego dla obietnicy prezydenta Dmitrija Miedwiediewa, który zapowiadał umocnienie rządów prawa w Rosji. Agencja Associated Press pisze, że inwestorzy zagraniczni pracujący w Rosji mówią, iż śmierć Magnitskiego i domniemane tortury świadczą o korupcji i samowoli w rosyjskim systemie sprawiedliwości.
ja, PAP