Magda zaginęła 24 stycznia. Początkowo jej matka utrzymywała, że dziewczynka została porwana. W sprawę zaangażował się Rutkowski. To on 2 lutego nagrał swoją rozmowę z kobietą, podczas której Katarzyna W. przyznała się, że dziecko zginęło w wyniku nieszczęśliwego wypadku - miało upaść na podłogę i uderzyć o próg w mieszkaniu. 3 lutego Katarzyna W. pokazała miejsce ukrycia zwłok policjantom. Prokuratura przedstawiła jej zarzut nieumyślnego spowodowania śmierci dziecka.

Wątek udziału Rutkowskiego w poszukiwaniach małej Magdy wyłączono ze śledztwa w sprawie śmierci dziecka, które prowadzi prokuratura w Katowicach, do odrębnego postępowania. Prokuratorzy z Katowic uznali, że sprawę trzeba przekazać do innej jednostki, by pod ich adresem nie padły zarzuty braku bezstronności. Pierwszy wątek gliwickiego postępowania dotyczy art. 245 Kodeksu karnego, czyli użycia przemocy lub groźby bezprawnej w celu wywarcia wpływu na świadka, kolejny - niepowiadomienia organu prowadzącego postępowanie karne o zawarciu umowy związanej z tym postępowaniem. Trzeci dotyczy świadczenia usług detektywistycznych i wykonywania czynności zastrzeżonych dla organów i instytucji państwa.

Rutkowski stanowczo twierdzi, że jego firma poinformowała policję, że angażuje się w sprawę małej Magdy. Prokuratura wysłała jednak pismo do Komendy Policji w Sosnowcu, by to zweryfikować. Prokuratura chce też mieć oficjalne potwierdzenie podawanych już w mediach informacji, że spółka, w której Rutkowski jest udziałowcem, ma koncesję na usługi detektywistyczne. Sam Rutkowski nie ma licencji detektywa - cofnął mu ją w czerwcu 2009 roku ówczesny komendant wojewódzki policji w Łodzi.