Tuż po zaprzysiężeniu na prezydenta Warszawy Rafał Trzaskowski zapowiadał, że jego żona najprawdopodobniej przestanie pracować w ratuszu. – Moja żona jeszcze pracuje w Ratuszu, ale rozmawiamy, żeby poszukać innej pracy. Myślę, że przeciągu kilku miesięcy podejmiemy wspólnie decyzję. Oczywiście jest to decyzja mojej żony. Być może będzie chciała dokończyć projekt, nad którym pracuje, ale w ciągu kilku miesięcy podejmie inne zobowiązania – mówił prezydent stolicy w rozmowie z Radiem Zet pod koniec listopada 2018 roku.
Małgorzata Trzaskowska pracowała od 2007 roku w stołecznym ratuszu. Nie podległała bezpośrednio swojemu mężowi, ponieważ nadzór nad Biurem Rozwoju Gospodarczego sprawuje wiceprezydent Michał Olszewski, a więc nie dochodziło do łamania prawa.
Rzecznik prasowy urzędu przekazał portalowi TVN Warszawa, że stosunek pracy Małgorzaty Trzaskowskiej został zawieszony 15 kwietnia 2019 roku. Ostatnim projektem, jaki prowadziła, było przygotowanie i koordynacja działań związanych z udziałem Warszawy w prestiżowych targach nieruchomości MIPIM 2019, które odbywały się w marcu w Cannes. Żona polityka PO jest obecnie na urlopie bezpłatnym. Potrwa on do czasu zakończenia kadencji Rafała Trzaskowskiego na stanowisku prezydenta Warszawy.