Nowakowski przyznawał w sądzie, że był konsultantem wojskowych służb w latach 90., ale tylko w sprawach polityki zagranicznej, a jego działania nie wykraczały poza sprawy obronności państwa i bezpieczeństwa Sił Zbrojnych RP. Pozwał Skarb Państwa reprezentowany przez MON i wygrał proces w obu instancjach.
Nowakowski był pierwszą osobą z raportu, która wygrała proces przeciw MON w sądzie I instancji. W maju tego roku Sąd Apelacyjny wydał zaś pierwszy prawomocny wyrok nakazujący MON przeprosiny za raport - wobec byłego posła SLD Jana Sieńki za opisanie go w raporcie jako rzekomo organizującego transakcję sprzedaży cystern kolejowych radzieckiemu agentowi.
W 2008 r. Trybunał Konstytucyjny uznał za sprzeczne z konstytucją m.in. pozbawienie osób z raportu prawa do wysłuchania przez komisję weryfikacyjną, prawa dostępu do akt sprawy oraz odwołania do sądu od decyzji o umieszczeniu w raporcie. Prezydent po tym wyroku zdecydował nie ujawniać przygotowanego przez Macierewicza aneksu do raportu.
arb, PAp