W efekcie opłaty pobierane od kandydatów na studia bywały zawyżane. Najwyższa Izba Kontroli skontrolowała pięć uczelni: Uniwersytet Jana Kochanowskiego w Kielcach, Uniwersytet Ekonomiczny w Poznaniu, Uniwersytet Ekonomiczny w Poznaniu, Politechnikę Wrocławską i Akademię Wychowania Fizycznego w Warszawie.
Opłaty jednostkowe zawyżano na uczelniach w różnym stopniu: o 9 zł na UE w Poznaniu, o 15 zł na AWF oraz 24 zł na Politechnice Wrocławskiej. Przy czym opłata rekrutacyjna pobrana przez AWF w kontrolowanym okresie obejmowała testy sprawności fizycznej, których ostatecznie nie przeprowadzono.
W części wypadków pieniądze z opłat rekrutacyjnych (łącznie co najmniej 1,45 mln zł, w tym nienależnie uzyskane 900 tys.) uczelnie przeznaczyły na zadania, których zdaniem NIK, nie można uznać za czynności niezbędne w procesie rekrutacji. Z opłat tych pokrywano m.in. zakup sprzętu niezwiązanego z rekrutacją, koszty całorocznego funkcjonowania komórek promocji i marketingu, w tym wynagrodzenia osobowe i działania związane z realizacją ich zadań, a także konkursy i zajęcia przygotowawcze dla kandydatów na studia. Wątpliwości NIK budzi również uwzględnianie w kosztach rekrutacyjnych tzw. ogólnouczelnianego narzutu (30 proc.), który jest wyliczany na podstawie całorocznych kosztów wynagrodzenia administracji i obsługi, czy zarządzania majątkiem uczelni.