W czerwcu 2010 r. Prokuratura Apelacyjna w Gdańsku skierowała do Sądu Rejonowego w Sopocie akt oskarżenia przeciwko Karnowskiemu zawierający sześć zarzutów, w tym pięć korupcyjnych. Miesiąc później sopocki sąd zwrócił go prokuraturze, uznając, że przedstawiony przez śledczych materiał dowodowy wymaga uzupełnienia. Prokuratura złożyła zażalenie na tę decyzję, jednak Sąd Okręgowy w Gdańsku podtrzymał decyzję sopockiego sądu, zalecając śledczym uzupełnienie materiału dowodowego, w tym sporządzenie dodatkowych opinii biegłych.
Wśród zarzutów postawionych Karnowskiemu przez prokuraturę apelacyjną znalazło się m.in. żądanie w marcu 2008 r. łapówki w postaci dwóch mieszkań od Sławomira Julkego. Zdaniem biznesmena, który planował przebudować strych kamienicy w Sopocie, prezydent chciał dostać lokale jako zapłatę za pomoc w uzyskaniu od swoich urzędników koniecznych pozwoleń na przebudowę. Przedsiębiorca nagrał rozmowę z prezydentem Sopotu i dostarczył śledczym kopię nagrania. Jak zeznał Julke, dyktafon, na którym znajdował się oryginał, został zniszczony. Prokuratura oskarżyła też Karnowskiego o przyjęcie korzyści majątkowych w wysokości ok. 60 tys. zł od miejscowego dilera samochodowego Włodzimierza G. Miał on m.in. sprzedać prezydentowi Sopotu trzy auta po zaniżonej cenie i za darmo je serwisować. Ostatni zarzut korupcyjny dotyczył relacji Karnowskiego z miejscowym przedsiębiorcą Marianem D. Według prokuratury prezydent przyjął od niego korzyść majątkową w postaci wykonanych bezpłatnie na swojej posesji usług budowlanych o wartości 2 tys. zł. Śledczy zarzucili Karnowskiemu również to, że w 2007 roku - przed przetargiem na samochody dla magistratu - złożył fałszywe oświadczenie, w którym stwierdził, że z firmą prowadzoną przez Włodzimierza G. nie łączą go stosunki, które mogą budzić wątpliwości co do jego bezstronności wobec tej firmy. Prezydent przyznaje jednak, że już od kilku lat diler samochodowy jest jego dobrym znajomym.
Karnowski odpiera wszystkie zarzuty prokuratury: zaprzecza jakoby kupował auta po zaniżonej cenie, twierdzi też, że nagranie rozmowy, w czasie której miał złożyć rzekomą korupcyjną propozycję Sławomirowi Julkemu, zostało przez biznesmena zmanipulowane. Właśnie tego nagrania dotyczy jedna z ekspertyz przeprowadzanych na zlecenie prokuratury przez krakowski Instytut Ekspertyz Sądowych im. Prof. dra Jana Sehna. Oprócz Karnowskiego zarzuty w tej sprawie mają także Włodzimierz G., Marian D. oraz dwóch urzędników sopockiego magistratu: Jarosław S. i Wojciech Z., którzy mieli ułatwić dilerowi wygranie przetargu na zakup samochodów dla Urzędu Miejskiego.
PAP, arb